Aufgrund der Schenkungen der Agilolfinger Herzöge und von ortsansässigen Adeligen erwuchs den Salzburger Erzbischöfen eine im Herzogtum Bayern liegende Exklave. Bei den vielfach unklaren Rechtsverhältnissen des Mittelalters kam es zu ständigen Reibereien zwischen den bayerischen und salzburgischen Behörden. Ein besonderer Zankapfel war die Stadt Mühldorf a. Inn, über die der Salzburger Erzbischof die Landshoheit beanspruchte. Wenn im Wappen des Landkreises der goldene kurbayerische und der salzburgische Löwe sich angriffslustig gegenüberstehen, so deutet das darauf hin, dass es im Mittelalter immer wieder zu kriegerischen Auseinandersetzungen kam. Den bayerischen Herzögen gelang es nicht, die Stadt Mühldorf a. Inn zu erobern. Dieser Zustand änderte sich erst 1802. Am 02. Dezember erschien in Mühldorf a. Inn, feierlich empfangen, der kurfürstlich bayerische Generalkommissar Freiherr von Aretin, der die Stadt für seinen Herrn in Besitz nahm. Der Reichsdeputationshauptschluß, auf den man sich bei der Amtshandlung stützte, wurde allerdings erst am 28. Februar 1803 in Regensburg ausgefertigt.
Das Gebiet des Landkreises Mühldorf a. Inn blieb bis zur Gebietsreform im Jahr 1872 unverändert. Durch die Landkreisreform wurde der Landkreis Mühldorf a. Inn um die Gebiete Haag i. OB und Gars a. Inn, die vordem zum Landkreis Wasserburg a. Inn gehörten, vergrößert.
Im Landkreis Mühldorf a. Inn leben auf einer Fläche von 805 qkm 108.480 Einwohner (31.12.2000). Verkehrstechnisch ist der Landkreis Mühldorf a. Inn vor allem durch seinen zentralen Bahnhof erschlossen, der als Linienstern Zugverbindungen in alle Himmelsrichtungen im Taktverkehr bietet. 88 km Bundes-, 166 km Staats-, 293 km Kreis- und 1.567 km Gemeindestraßen sind zu einem dichten Verkehrsnetzverwoben mit guten Anschlüssen nach allen Richtungen. Allerdings hat der Landkreis noch immer keine Autobahn-Anbindung. Seit 25 Jahren kämpft der Landkreis für die A 94 München – Mühldorf a. Inn - Simbach sowie für die B 15 neu Regensburg – Landshut – Rosenheim.“