Sein typisches Gepräge erhält unser Landkreis auch durch die Flüsse, die ihn durchziehen. An erster Stelle ist der Inn zu nennen, der von Gars a. Inn im Südwesten bis östlich von Mühldorf a. Inn das Landkreisgebiet durchquert. Nördlich von Jettenbach zweigt an der linken Uferseite der Innkanal ab, dessen Wasser zur Elektrizitätsgewinnung genutzt wird. Bei Töging a. Inn im Landkreis Altötting mündet der Kanal in den Inn. Bedeutsam ist auch die Isen, die vom Landkreis Erding kommend bei Dorfen unser Landkreisgebiet erreicht. Die Isen fließt in vielen Windungen durch unser Gebiet und verlässt, nachdem viele kleine Bäche in ihr aufgegangen sind, bei Töging das Landkreisgebiet. Bei Neuötting mündet die Isen dann in den Inn. Der nördliche Teil des Landkreises wird von der Rott durchflossen. Sie entspringt in der Nähe der Landkreisgrenze bei Wurmsham und durchzieht das Landkreisgebiet in nordöstlicher Richtung. Auch in der Rott münden zahlreiche Nebenbäche, insbesondere aus nördlicher und nordwestlicher Richtung.
